フォーマット定義

R Markdown で利用できる出力フォーマットはドキュメント系のフォーマットとプレゼンテーション系のフォーマットに大別できます。デフォルトでも様々なフォーマットをサポートしていますが、パッケージを追加することで更に多様なフォーマットを利用できるようになります。
　

YAML Option

YAMLでは出力フォーマット以外にドキュメントタイトルや作者名、作成日などの指定ができます。記述順は問いませんのでご自分で分かりやすい順で記述してください。特に出力フォーマットのオプションは多様ですのでアルファベット順にするのが分かりやすいと思います。
　

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title: "メインタイトル"
subtitle: "タイトル下に表示されるサブタイトル"
author: "作者名"
date: "作成日、後述のinline chunkも利用可"
output:
    # ここに出力フォーマットを指定します
    # これ以降は出力フォーマットのオプションを指定します
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outputオプションは出力フォーマットごとに異なります。代表的なオプションは以降を参照してください。
　

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output:
  html_document:
    code_folding: hide
    df_print: paged
    highlight: "default"
    md_extensions: -ascii_identifiers
    number_section: yes
    theme: "default"
    toc: yes
    toc_depth: 3
    toc_float:
      collapsed: yes
      smooth_scroll: no
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チャンク・オプション

中括弧（{）の次にあるrはチャンク内に記述されたコードが R 言語であることを意味しています。次のChunkNameはチャンクの名前でファイル内でユニークに設定する必要があります。その次のechoやmessageは R のコードの実行結果に対するオプションです。
知っておくと便利な基本的なオプションを下表に示しておきます。なお、詳細や他のオプションについては R Markdown Reference Guid (PDF) を参照してください。
　

インライン・チャンク

文中（行中）でR のコード実行する場合にはインライン・チャンクを用います。インライン・チャンクはシングル・バッククォートで囲んだコードチャンク（\(`r `\)）中にコードを記述します。例えば、チャンクの中で円の面積を求める以下のようなコードがある場合
　

pi * 5.0 ^ 2    # 円の面積を求める

## [1] 78.53982

　
その計算結果を文中（行中）に小数点第1位までの桁で表示する場合には、文書中に以下のようなコードチャンクを記述します。
　

円の面積は`r round(pi * 5.0 ^ 2, digits = 1)`平方センチとなります。

　
これを実際にR Markdown文書の中で実行すると以下のように計算結果などを文中（行中）で参照することが可能です。
　

円の面積は78.5平方センチとなります。

　
ただし、グラフ（plot関数）や回帰モデル（lm関数）など返り値が複雑な場合は処理できません。
　

セットアップ・チャンク

チャンク名がsetupであるチャンクは、セットアップ・チャンクと呼ばれる RStudio 環境において特殊な動作をするチャンクです。 RStudio のエディタはチャンク単位での実行をサポートしており、任意のチャンクが実行されると自動的にsetupチャンクを呼び出し初期処理を実行してからチャンクを実行します。この動作が行われるのは RStudio エディタで R Markdown 文書を開き最初に任意のチャンクを実行させたときのみです。セットアップ・チャンクには後述の共通チャンク・オプションの設定や分析に必要なパッケージの読み込み、ローカル定義関数などを記述しておくと便利です。
　

共通チャンク・オプション

チャンク・オプションはチャンクごとに指定しますが、全てのチャンクに対して同様の設定を繰り返すのは面倒です。それを回避するにはセットアップ・チャンクでknitr::opt_chenk$set関数を用いて共通のオプションを指定します。

knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE, warning = FALSE, comment = "#>")

これにより各チャンクではチャンク・オプションを省略することが可能になります。また、共通のオプションと異なる指定をしたい場合は個別に設定することで、チャンク側のオプション設定が優先されます。
　

見出し

文書の章節項に当たる見出しは最大6階層まで指定可能ですが、出力を考慮すると多くても4階層以内に止めておくのが無難です。できれば、3階層以内に抑えておくことをおすゝめします。
　

なお、見出しは必ずしも「見出し1」から使う必要はありません。また、「見出し2」の次が「見出し4」になっていても構いませんが、目次や見出し番号を使う場合には注意してください。
　

箇条書き

箇条書きは番号なしと番号付きの二種類の箇条書きがあります。どちらもネスト可能です。
　

* List 1
* List 2
    * sub-item 1
    + sub-item 2
        * sub-sub-item 1
        + sub-sub-item 2
        - sub-sub-item 3
    - sub-item 3
* List 3
+ List 4
- List 5

1. Ordered List 1
1. Ordered List 2
    i) sub-item 1
    i) sub-item 2
        a. sub-sub-item 1
        a. sub-sub-item 2
        a. sub-sub-item 2
    i) sub-item 3
1. Ordered List 3
(@) Renumber List 4
(@) Renumber List 5

表

テキストベースの表を表として出力することが可能です。これ以外にチャンクからdata.frameなどを表として出力することも可能です。これはR Markdown Tablesで説明しますので、本項ではテキストベースの表のみ説明となります。
テキストベースの表は以下のように記述します。表の幅は文字数により出力フォーマットの幅に収まるように調整されます。また、文字の配置は右寄せ（:---）、中央揃え（:---:）、左寄せ（---:）を指定することも可能です。
　

　
上記の記述は実際に出力されると以下の表になります。なお、themeなどのオプションにより表の体裁は若干変わります。
　

文字装飾

上付き、下付きでリンクと組み合わせる場合は後述のハイパーリンクの項を参照してください。
　

ハイパーリンク

文書中にハイパーリンクを指定する場合は以下のように記述します。

インデックス指定の場合はインデックス（[Index]: URL "Alt Text"）を最後に記述しておく必要があります。なお、インデックス自体は出力ドキュメントには含まれません。
　

画像

文書中に画像（PNG, JPEGなど）ファイルを挿入する場合はリンクと似たよう以下の記述をします。

インデックス指定の場合はインデックス（[Index]: file_path "alt Text"）を最後に記述しておく必要があります。なお、インデックス自体は出力ドキュメントには含まれません。
　

数式

数式は\(\LaTeX\)の数式モードを利用することで表示可能です。数式モードで扱えるのはインライン数式モードとディスプレイ数式モードのみで、番号付きのディスプレイ数式モードは扱えません。また、数式モードの中でもインライン・チャンクが使えます。なお、\(\LaTeX\)のレンダリングは外部のレンダリング・エンジンに依存するため出力フォーマットによっては表示のためにインターネット接続が必要になるものもあります（主にHTML系フォーマット）。

\(\LaTeX\)の数式モードで扱える表現は\(\LaTeX\)コマンド集 が参考になります。
　

特殊な見出し

出力がHTML系のフォーマットの場合、見出しを利用して「タブ」表示を行うことが可能です。以下のように記述すると見出し1の一つ下のレベルの見出し2がタブとして扱われます。タブとして扱う場合は{.unnumbered}を明示的に指定して見出し番号が付かないようにしておくことをおすゝめします。
なお、タブを指定した見出しと同一レベルの見出しが出てきた時点でタブ表示は自動的に終了となります。
　

# Tabset Chapter {.tabset .unnumbered}
## Tab 1 {.unnumbered}
## Tab 2 {.unnumbered}

# Non Tabset Chapter
## Non Tab 1
## Non Tab 2

区切り線

区切り線（プレゼンテーション系ドキュメントの場合はスライド区切り）は三つ以上の連続した半角アスタリスク*またはハイフン---を記述します。